TOMCATインストール後にJava SDK(あるいはJRE)のバージョンを上げたら、TOMCAT起動時にエラーになった場合以下を参考にしてください。
「スタート」−「プログラム」−「Apace Tomcat 4.1」−「Configure Tomcat」と進みます。その画面で「Java」タグを選択してください。

ここで「Java Virtual Machine」欄に、Java JREへのパスが入っています。ここを有効なJava JREへのパスに修正することによって、正しく起動できるようになります。
ここで「Use default」にチェックしておく、という手もあります。

こうしておくと次回から自動認識されるので、Javaバージョンアップの度に修正する必要はありません。ちなみに「Use Default」チェック時の自動認識で、なにを基準にしているのか試してみましたが(環境変数かリポジトリか)、具体的な仕組みを突き止めるまでに至りませんでした(リポジトリのようだが、どのリポジトリキーを参照してるのか、確証がとれませんでした)。
ただしJDK1.5やJDK1.6などバージョンの異なる複数のJavaをインストールして、いろいろと評価・実験をしたい場合はこの「Use Default」はチェックしないほうがいいでしょう。自分で「Java Virtual Machine」欄に明示的に指定する必要があります。
この場合はレジストリ編集は必要ありません。新しいJava SDKをインストールして古いのをアンインストールするとJavaのディレクトリ名が変わるので、「スタート」ボタンから「プログラム」−「Apache Tomcat 4.1」−「Start Tomcat」と進んだときに「java.exe」の場所を探し始めます。ここで「参照」ボタンを押して新しくインストールしたSDKのJava VM(java.exe)を指すようにすれば大丈夫です。
もしくは画面下のタスクバーでマウスの右ボタンクリック − 「プロパティ」を選択するか、エクスプローラーから選択していって、「スタートメニュー」を変更してください。
ここで「Start Tomcat」と「Stop Tomcat」というショートカットのプロパティを変更します。
「リンク先」を新しくインストールしたSDKのJava VMを指すように、ディレクトリ名部分を修正してください。